Η εκπόνηση μίας ειδικής Οικολογικής Αξιολόγησης (ΕΟΑ) αποτελεί βασικό εργαλείο για την αξιολόγηση των επιπτώσεων στα είδη και τους οικότοπους με στόχο τη διαφύλαξη τους. Η ΕΟΑ υποβάλεται κατά τη διαδικασία εξέτασης έργων ή σχεδίων που εμπίπτουν ή γειτνιάζουν με περιοχές του Δικτύου Natura 2000.

Αντίστοιχα, το άρθρο 16 του Νόμου περί Προστασίας και Διαχείρισης της Φύσης (Ν.153(Ι)/2003) προνοεί ότι «Κάθε σχέδιο ή έργο […], το οποίο δεν είναι άμεσα συνδεόμενο ή αναγκαίο για τη διαχείριση περιοχής που εμπίπτει σε ειδική ζώνη διατήρησης, αλλά δύναται να την επηρεάζει, καθ’ αυτό ή από κοινού με άλλο σχέδιο ή έργο, υπόκειται σε δέουσα εκτίμηση των επιπτώσεων του στην περιοχή, λαμβάνοντας καθοριστικά υπόψη τους στόχους διατήρησης της περιοχής αυτής και της οικείας ειδικής ζώνης διατήρησης […]».